Orgánmi obce Rožkovany sú Obecné zastupiteľstvo a starosta obce.
Obecné zastupiteľstvo obce Rožkovany je zastupiteľský zbor obce zložený z 9. poslancov (Ing. Patrik Čorba, Ján Duľa, Ján Girašek, Ing. Margaréta Girašková, Mgr. Martina Girašková, Mária Patschová, Ing. Pavol Poremba, Miloš Sekerák, Mgr. Cecília Šarišská) zvolených obyvateľmi obce na obdobie 4 rokov. Funkčné obdobie poslancov sa končí zložením sľubu poslancov novozvoleného obecného zastupiteľstva. Starosta obce Rožkovany je predstaviteľom a najvyšším výkonným orgánom obce, ktorého volia obyvatelia obce na 4 roky.
Obecné zastupiteľstvo zriaďuje komisie (podľa potreby, alebo ak to vyplýva z osobitného právneho predpisu):
- Komisie obecného zastupiteľstva:
1. Komisia pre dopravu, výstavbu územný plán, stavebný poriadok a pre ochranu životného prostredia
Predseda: Miloš Sekerák
Členovia: Ján Girašek, Ing. Branislav Amrich, Marcel Kuchár, st., Mgr. art. Richard Sekerák, Štefan Verešpej, Milan Lipovský,
2. Komisia pre sociálne veci, zdravotníctvo, opatrovateľskú službu a ochranu verejného poriadku
Predseda: Mgr. Cecília Šarišská
Členovia: Ján Duľa
3. Komisia pre školstvo, kultúru, mládež, šport a pre prácu so spoločenskými a záujmovými organizáciami
Predseda: Ing. Pavol Poremba
Členovia: Ing. Patrik Čorba, Mária Patschová, Mgr. Martina Girašková, Ján Petrek, Pavol Poremba, st., Jana Lipovská, Viktor Vinca
4. Komisia pre financie, rozpočet, eurofondy a pre podnikanie
Predseda: Ing. Margaréta Girašková
Členovia: Mária Daňková, Mgr. Martina Girašková
5. Rada seniorov
Predseda: Ľudmila Girašková
Členovia: Mária Funtaľová, Mária Janičová, Ján Meľuch, Martin Gdovin
Osobitné postavenie medzi orgánmi obce má hlavný kontrolór obce Rožkovany, ktorého volí obecné zastupiteľstvo. Hlavný kontrolór je zamestnancom obce a vykonáva kontrolu plnenia úloh obce.