Orgánmi obce Rožkovany sú Obecné zastupiteľstvo a starosta obce.

Obecné zastupiteľstvo obce Rožkovany je zastupiteľský zbor obce zložený z 9.  poslancov (Stanislav Čekan, Ján Duľa, Ján Futaľ, Ján Girašek, Michal Kocúrek,  Pavol Mišenko, Peter Petruf, Mgr. Cecília Šarišská, Peter Štvarták) zvolených obyvateľmi obce na obdobie 4 rokov. Funkčné obdobie poslancov sa končí zložením sľubu poslancov novozvoleného obecného zastupiteľstva. Starosta obce Rožkovany je predstaviteľom a najvyšším výkonným orgánom obce, ktorého volia obyvatelia obce na 4 roky.

Obecné zastupiteľstvo zriaďuje komisie (podľa potreby, alebo ak to vyplýva z osobitného právneho predpisu):

• Komisie obecného zastupiteľstva:

1. Komisia pre územné plánovanie a stavebný poriadok

Predseda: Peter Štvarták

Členovia: Ján Girašek

2.  Komisia pre ochranu životného prostredia

Predseda: Peter Petruf

Členovia: Andrej Štvarták st., Miroslav Kollár

3.  Komisia pre ochranu verejného poriadku

Predseda: Pavol Mišenko

Členovia: Ján Girašek, Ján Duľa

4. Komisia pre sociálne záležitosti

Predseda: Mgr. Cecília Šarišská

Členovia: Mgr. Andrea Mišenková, Stanislav Čekan, Ján Funtaľ, Milan Lipovský

5. Komisia pre prácu s mládežou, kultúru a šport

Predseda: Michal Kocúrek

Členovia: Alžbeta Čorbová, Zuzana Koscelníková, Mgr. Andrea Mišenková, 

               Stanislav Čekan

Osobitné postavenie medzi orgánmi obce má hlavný kontrolór obce Rožkovany, ktorého volí obecné zastupiteľstvo. Hlavný kontrolór je zamestnancom obce a vykonáva kontrolu plnenia úloh obce.